あらゆる原子時計の核となるのは、原子またはイオン中の2つの量子状態です。これらの状態間のエネルギー差は明確に定義されており(典型的には、関与する量子状態の長寿命に関連)、環境の影響は最小限です。これらの状態間の遷移は "時計遷移(クロック遷移)" と呼ばれ、分光学的に研究することができ、"局部発振器" または "フライホイール" の基準として機能します。局部発振器(遷移エネルギーに応じてレーザーまたはマイクロ波)は、時計遷移に対して周波数安定化され、安定した振動電磁波を提供します。これは原子周波数標準と呼ばれます。周波数標準の振動を計数することで(例えば、1つの「ティック」は振動の1周期に対応します)、原子時間標準を実現できます。
従来のマイクロ波原子時計は、セシウム(Cs)またはルビジウム(Rb)のマイクロ波遷移を利用しています。 Csは実際には時間そのものを定義するために用いられています。「1秒は、133Csの2つのmF=0超微細基底状態間の遷移に安定化された周波数標準の9,192,631,770回の振動にかかる時間です。」マイクロ波原子時計はこれまで多くの用途で利用されてきましたが、その根本的な限界は、基準遷移の周波数が比較的低いことと、環境誘起摂動の影響にあります。
光原子時計は、数1014Hzというはるかに高い周波数における光領域での遷移を利用します。典型的なバージョンでは、熱原子(例えば、2光子Rb時計やヨウ素の高分解能分光法)が用いられ、レーザー冷却・捕捉された原子やイオンのマイクロ波遷移を利用する他のタイプの時計と同様の限界があります。後者は、レーザー冷却と捕捉に量子技術を用いていることから、 "マイクロ波量子時計" と呼ばれています。これらの時計はどちらも、相対不確かさが10-14から(稀に)10-15(Cs原子泉時計の場合)を下回る程度です。
不確かさと精度の点で最も先進的な時計は「光量子時計」です。これは、レーザー冷却と原子またはイオンのトラッピング(つまり量子技術)と光時計遷移を組み合わせたものです。その結果、不確かさは10-18以下に大幅に改善されます。環境の影響、潜在的な誤差、そして補正を慎重に分析することで、10-18程度の相対精度を実現できます。
主要な2つのアーキテクチャは、中性原子を用いた光格子時計と、トラッピングイオンを用いた光時計です。